Науково-дослідна діяльність ТОВ «НФЕ» здійснюється з моменту створення підприємства — 25 лютого 2020 року — та є невід'ємною складовою його діяльності з організації та проведення незалежної фахової експертизи у формі оцінки відповідності.

Основним напрямом наукових досліджень ТОВ «НФЕ» є розвиток теоретичних, методологічних і прикладних засад незалежної фахової експертизи у формі оцінки відповідності як превентивного механізму забезпечення правової визначеності, підвищення ефективності правозастосування, своєчасного виявлення й оцінювання ризиків, запобігання правовій невизначеності та науково-експертного забезпечення прийняття обґрунтованих рішень учасниками правовідносин.
Організацію та координацію науково-дослідної діяльності ТОВ «НФЕ» здійснює директор з науково-дослідної роботи, а загальне керівництво та контроль за її реалізацією — директор ТОВ «НФЕ». З метою забезпечення колегіального розгляду стратегічних питань наукового розвитку, визначення пріоритетних напрямів досліджень та підвищення результативності науково-дослідної діяльності в ТОВ «НФЕ» створено Вчену раду, яка розглядає ключові питання організації, координації та розвитку науково-дослідної, експертної й науково-методичної діяльності підприємства.
Науково-дослідна діяльність ТОВ «НФЕ» здійснюється в безпосередньому взаємозв'язку з практикою незалежної фахової експертизи у формі оцінки відповідності, що забезпечує інтеграцію наукових знань, методологічних підходів і практичного експертного досвіду.
За даними реєстру акредитованих органів з оцінки відповідності Національного агентства з акредитації України (НААУ), ТОВ «НФЕ» є першим та єдиним акредитованим органом з інспектування (органом з оцінки відповідності) у сферах: науково-правнича експертиза, науково-економічна експертиза, комплексна наукова експертиза.
ТОВ «НФЕ» як наукова установа має міжнародний ідентифікатор дослідницької організації ROR (Research Organization Registry) — https://ror.org/01kfkbn61, що забезпечує її однозначну ідентифікацію в міжнародному науковому інформаційному просторі, сприяє належній атрибуції результатів наукової діяльності та підвищенню їхньої інформаційної доступності.
Особливе місце в тематиці наукових досліджень посідають питання теоретичного обґрунтування, методологічного забезпечення та практичного розвитку діяльності органів з інспектування, які здійснюють незалежну фахову експертизу у формі оцінки відповідності. Пріоритетна увага приділяється розробленню науково обґрунтованих методів експертного дослідження, формуванню об'єктивних і науково обґрунтованих критеріїв оцінювання, забезпеченню достовірності, відтворюваності та обґрунтованості результатів експертних досліджень, а також розвитку методологічних підходів до встановлення відповідності визначеним вимогам.
Практична реалізація результатів наукових досліджень здійснюється шляхом їх впровадження в організаційні, методологічні та процедурні засади діяльності ТОВ «НФЕ», зокрема через розроблення й удосконалення внутрішніх нормативних, організаційних і науково-методичних документів: Порядку організації та проведення незалежної фахової експертизи у формі оцінки відповідності, Науково-методичних рекомендацій з питань проведення незалежної фахової експертизи, методик експертного дослідження, стандартизованих технічних умов, технологічних карт та інших документів, що регламентують організацію, проведення й методологічне забезпечення експертної діяльності.
Таким чином, науково-дослідна діяльність ТОВ «НФЕ» формує науково-методологічне підґрунтя розвитку незалежної фахової експертизи у формі оцінки відповідності, забезпечує системне вдосконалення експертних методів і процедур та сприяє утвердженню науково обґрунтованих підходів до оцінювання відповідності як інструменту превентивного забезпечення правової визначеності й підтримки прийняття обґрунтованих рішень.
Відповідно до щорічних планів науково-дослідних робіт ТОВ «НФЕ», затверджених Вченою радою ТОВ «НФЕ» (на 2025 рік – протокол від 19.01.2025 № 07-1.2/25-001; на 2026 рік – протокол від 29.12.2025 № 07-1.2/25-003), здійснюється виконання науково-дослідної роботи за темою:
За результатами виконання науково-дослідних робіт ТОВ «НФЕ» щорічно подає проміжні звіти до Українського інституту науково-технічної експертизи та інформації (УкрІНТЕІ). Результати наукових досліджень є основою для формування планових і звітних показників науково-дослідної діяльності ТОВ «НФЕ», забезпечують систематизацію, документування та оцінювання результативності виконаних досліджень, а також сприяють визначенню пріоритетів і перспектив подальшого наукового розвитку.
Важливим напрямом науково-дослідної діяльності ТОВ «НФЕ» є забезпечення відкритості, доступності та поширення результатів наукових досліджень шляхом опублікування наукових праць співробітників у вітчизняних фахових виданнях, а також у наукових виданнях, що індексуються в міжнародних наукометричних базах даних Scopus та Web of Science.
Така публікаційна діяльність сприяє розвитку наукової комунікації, професійному обговоренню результатів досліджень та інтеграції наукових напрацювань ТОВ «НФЕ» у вітчизняний і міжнародний науковий простір.
Наукові публікації та інші академічні тексти працівників ТОВ «НФЕ» зберігаються, систематизуються та представлені в Репозитарії академічних текстів ТОВ «НФЕ», який виконує функцію інституційного електронного архіву результатів наукової діяльності підприємства. Функціонування Репозитарію сприяє збереженню наукового доробку, забезпеченню його інформаційної доступності, належної ідентифікації та поширенню результатів наукових досліджень, а також реалізації принципів відкритої науки й академічної доброчесності.
З метою інтеграції наукових інформаційних ресурсів, підвищення доступності та поширення результатів наукових досліджень забезпечено інформаційну інтеграцію Репозитарію академічних текстів ТОВ «НФЕ» з Національним репозитарієм академічних текстів (НРАТ), у межах якої здійснюється періодичне передавання академічних текстів та відповідної інформації до НРАТ. Така взаємодія сприяє формуванню єдиного наукового інформаційного простору, збереженню та популяризації наукового доробку ТОВ «НФЕ», підвищенню його видимості й доступності для наукової спільноти та інших заінтересованих осіб.
Інформаційна діяльність ТОВ «НФЕ» в мережі Інтернет спрямована на популяризацію результатів наукових досліджень, поширення наукових знань, розвиток наукової комунікації та забезпечення доступності інформації про наукові здобутки підприємства. Така діяльність сприяє відкритості науково-дослідної роботи, обміну науковими знаннями, зміцненню взаємодії між науковою спільнотою та представниками практичної діяльності, а також розвитку вітчизняної науки.